故事发生在一个名为霞之村落的村庄之中，在这里，伫立着专门培养女忍者的忍者学校私立志能备学园。万里小路隼人（远近孝一 配音）是一名平凡的二十四岁青年男性，因为背负了两百万日元的巨额债务，隼人逃到了村中，成为了学校里的老师，可是隼人并不知道这是一间如此特殊的学校。
　　和隼人一起来到学校的还有名为日向向日葵（松本华奈 配音）的女孩，向日葵很小的时候遭遇了一场空难，所幸得到了一名忍者的救助才幸免于难，从此，向日葵便立志也要成为一名忍者，因此来到了能备学园之中，只是，在这里学习的女孩们都是从小时候起便开始接受忍者训练的高手，而从小过着普通生活的向日葵在这里真的没问题吗？