末日孤舰第二季剧情主要讲述了Chandler舰长和他的团队如何营救人民。

　　惊人的事实曝光后，Chandler舰长和他的团队在巴尔的摩知晓了这个国家的命运，以及他们自己的命运。

末日孤舰第二季剧照

　　尽管他们遭遇了严重挫折，但他们还是决定与一个地下抵抗组织联合起来击败所谓的总统Amy Granderson(她命令马里兰州警控制了内森-詹姆斯号和病毒的原始样本，她还决定只用解药治疗「有用之人」，从而建立一个「完美的社会」)。

　　解药的剂量已经很少，仍然被囚禁在Avocet的Rachel试图尽其所能为患病者做些善事。与此同时，Slattery和内森-詹姆斯号的船员必须争分夺秒营救Tophet并重新夺回战舰的控制权，他们要确保每一个人都获得解药——无论是否「有用之人」。