明宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安在营救忠良行动中，终将恶贯满盈的东厂督主万喻楼一剑毙命，引来西厂督主雨化田，祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失于铺天盖地的黑沙暴中。尘消风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿于龙门客栈这家大漠黑店。

　　三年前曾毁于大火的龙门客栈里，当年风骚的老板娘金镶玉早已神秘失踪，只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌;神密剑客卜仓舟的容貌，为何与雨化田如此相似?对客栈密道了如指掌的吹笛女子凌雁秋，又是何许人也?就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际，地平线突刮起数条龙卷奇风，赵怀安横空飞出，欲与雨化田一决生死。大漠风烟间，一场天地变色的正邪之战，即将展开。

　　龙门飞甲剧情悬疑1：此影片是《新龙门客栈》的后续故事，与原来人物设置和故事情节完全不同

　　龙门飞甲剧情悬疑2：此影片各主要人物关系错综复杂，每个人都有自己的个性和故事，正邪难辨