在失去山寨弟兄的痛苦中，董云逐渐接受了革命思想的洗礼，并加入了武工队。而李龙飞也带回振奋人心的消息——在飞行员提供的情报下，我军在前线再次给予敌人重大打击。上级命令何剑笙为队长成立一支武工队。从此，这支小小的队伍，扎根柳林山区，和众多抗日军民并肩战斗，面对着残酷的斗争环境，跟凶残的侵略者展开了一次又一次的生死相博。

　　在解救怀孕的共产党女干部途中，前有日军重重封锁线，后有特务汉奸死追不放的绝处下，他们体会过听闻婴儿第一声啼哭时的喜悦;在民族大义面前，他们与国民党的义士们摒弃前嫌，兄弟同心、虎穴除奸，也品尝过那份酣畅淋漓的快意恩仇;他们神出鬼没，带领乡亲们抢收粮食，救民于水火;他们晓明大义，教育和感化那些误入歧途的伪军战士，引导他们改邪归正……

　　在一次次艰难任务中，李龙飞也完成了武工队员的使命，被调回旅部待命。何剑笙带领其他队员继续与日本人周旋。

　　面对武工队一次次的戏耍，当地日军也加紧了暗中反扑的步伐。他们不但血洗村庄，搜刮百姓，还假扮游击队员，栽赃陷害八路军;安排女特务混入武工队，意图捣毁武工队据点。武工队在硝烟弥漫中一次次化险为夷，并吸纳了游击队员二虎、逃难村民老段这样与日军不同戴天的铁骨男儿，为武工队注入新鲜的血液。

　　但随着抗日形势的日趋严峻，更加艰巨的任务也随之而来。在掩护投诚伪军副司令前往延安的任务中，武工队不但要对付日本人，还要与重庆派来的刺客周旋，更要面临父子亲情在遭遇国仇家恨时的艰难抉择。在保护一批进步女学生的任务中，队长何剑笙因身处险境，而失去了生命。

　　这些前所未有的挑战和生离死别的痛苦，让武功队员们再次磨练了毅力与心智。最终，曲大山肩负起领导武工队的重任，成功解救了女学生，并杀死了中佐春上，又将大汉奸吴应财成功策反，变为武工队内线。

　　然而继任的中佐井村，却比春上更阴险狠毒。武工队面临更复杂的斗争——段家村屠村的背后到底隐藏着什么不可告人的秘密?春上囤积的神秘物资到底何去何从?继而，各村子又不断有青壮年村民离奇失踪，他们到底被带到了哪里?

　　在重重谜团中，武工队一层层深入调查，却一步步陷入危险的境地，以至于被日军围困，曲大山为掩护大家而壮烈牺牲，队员们全被打散。

　　但这一切却没有击垮大家抗日的决心与意志。幸存的队员们继续与日军艰难周旋，终于发现了日军秘密修建的军用机场，欲将大批当地文物转移的阴谋。在千钧一发之际，终于迎来了八路军新团长李龙飞向柳林镇发起总攻的号角，在武工队与游击队的配合下，炸毁了机场，手刃了井村，夺回了柳林镇控制权，也将那批蕴含着华夏千年文明的文物从日本人手中夺回。

　　最终，李龙飞的队伍吸纳了幸存的武工队员，再次踏上抗击日寇的征程。而在那些依然被日军践踏蹂躏的村庄里，又有遍地英雄成长起来，踏破重重硝烟，为抗战的最终胜利积蓄着无限的力量。