SFアニメ界に衝撃を与え、アニメ作品とファンや業界のあり方まで変えたと言われる不朽の名作、『宇宙戦艦ヤマト』の劇場版第1弾。昭和49年からTV放映された全26話より、『人間革命』の舛田利雄氏が人類の未来を賭け、旅立つ男たちの生きざまを中心に、再構成、監督する。西暦2199年、地球は謎の星間国家ガミラスの攻撃を受け滅亡の危機に瀕していた。遊星爆弾による放射能汚染は地表全土に広がり、地下都市に逃れた人類を刻々と蝕みつつあった。地球防衛軍も敗退し、希望の全てを失った時、14万8千光年の彼方、惑星イスカンダルの女王スターシャからのメッセージが届く。イスカンダルには地球の滅亡を救う放射能除去装置コスモクリーナーDがあるという。そしてさらに、そのメッセージには、人類の技術水準を遥かに上回る機関、波動エンジンの設計図が託されていたのだった???。