一妇人患上血风疹,亭带她往佗府医治,并借请饮茶为名,将妙等人调虎离山。亭离开时留下发钗,妙见钗十分疑惑。太医院内,操听信奸计,要佗研制毒药杀敌,佗断言拒绝,后经亭一番调停,佗唯有暂时答应以拖延时间。妙与佗重温昔日温馨片段,但佗觉妙已变成判若两人,彼此距离渐远,暗自失落。亭与佗二人研究出"五禽戏"功法,此功能令人强身健体,正当二人互相切磋时,彼此肌肤相接,此情此境却被刚前来的妙看见,妙呆立当场。
亭因经常和佗一起,被人传出流言,操心生一计,要将亭许配给佗,另外,更招收妙为干女儿,对佗作进一步控制。亭为佗安全起见,唯有答允下嫁。兰等人为了替妙出气,设计陷阱令亭出丑,幸亭均一一化解。有流言传出关和孙权将结为姻亲以壮军力,操听闻后立即召全城壮丁入伍,以加强兵力,佗见状不忍,无奈答应操尽快研制毒药,此时,亭突然带佗前往关处商讨对策。不久,操收到线报,知道关与权决裂,亭乘机劝操停止征兵,操虽应允,但亭却担心着未来的日子。
操对佗步步进迫,今次更令皇上封佗为"司马",统领三军,亭看出操奸计,暗自担心。妙与佗前往还神,亭在后跟随,途中亭感胃痛,佗带她前往茶楼并细心呵护,其中三名军官在坐,见佗老婆奴模样,均感不屑。操介召其属下给佗认识,属下吓然是茶楼内的三名军官,三人均恳求操撤换"司马"。亭知佗将大祸临头,于是安排一家人出走,并通知关前来接应。操一方面接佗往制毒药,而亭则骗众人回乡祭祖。佗终研制出毒药给操,然后偷走到渡头汇合众人,惜被操发现,众人身陷险境。
关率众杀出重围,惜亭始终落入操手上。襄阳城内,关把佗一家安顿,但景等人则怨声载道。佗虽担心亭的安危,却又无可奈何,唯有到关军营帮忙医治伤兵,妙欲帮忙却被佗婉拒。战鼓声响,关与操子仁开战,关不慎被毒箭所伤,佗替关刮毒疗伤,终令仁退下战线。操头痛发作,将太医院内学生全数杀掉,伍及之及时逃出,于是前往关营投靠,并与景等人团聚。妙下决心与佗共度患难,佗虽被受感动,却仍记挂亭的安危,唯有撇下妙等人前往营救。
佗要操以三条件,交换医治其头风。亭决定离开成全妙及佗,另边厢,妙亦决定回许昌与佗重聚。佗与学生合编"青囊书"作后人之用,时关被杀,操猜疑佗会将他杀掉,于是除将他收监,更命人把书烧毁。佗入狱前回家一行,妙突出现,二人恍如隔世。佗把"青囊书"重写,交托给妙,但问用奸计把书骗去,妙唯有把书烧毁免问得逞,幸阿及时把烧剩的"铁打篇"保留起来,而佗亦在此时因心力交瘁与世长辞。时日渐过,当日的"铁打篇"及"五禽戏",均被妙及亭二人将它发扬光大,流传于世。(医神华佗全剧终)