人间百姓,终于有了近二十年的太平。
二十年后,一名老实巴交的穷书生宁采臣(陈晓东 饰)为了替母亲治病而四处奔波忙碌,到南郭镇替老板收帐,哪知南郭镇长年闹鬼,更对陌生人畏如蛇蝎,宁采臣只能在荒郊野外露宿一晚,岂料却遇到了二十年前被阴月圣后夺去的小女孩——聂小倩(徐熙媛 饰)。
原来阴月太后回魔界后,为防万一,故把小倩的魂魄抽出,以妖法封于狐妖身上,二十年后,聂小倩长大成人,无意中看到了魔宫的禁书《蓝魔小札》,上面记载了许多人间的爱情故事,令她心生向往。为了要一尝人间真爱,遂想偷偷逃走,却遭魔君七夜发现。
七夜答应让小倩去人间,又赠她蓝魔之泪,告诉她只要遇到真爱,对她说出“我爱你”,蓝魔之泪就会发出耀眼光芒。但以百日为限,若是百日内未能寻得真爱,却又不肯回到魔宫的话,聂小倩将受魔神夺命之劫。
小倩来到人间,却被兰若寺蜘蛛精魅姬(麦家琪 饰)所制,与雪妖小雪(夏于乔 饰)一起,被迫扮作女鬼勾引男子供魅姬吞食,此时遇到了这个本性善良的书生宁采臣,心生恻隐,欲助他逃走,谁知采臣呆头呆脑,又不知真相,将事情越搞越糟,期间差点连累了他新结识的朋友诸葛流云(吴京 饰),幸多次被小倩所救,两人暗生情愫。
诸葛流云是来自玄心正宗的一名热血青年,到南郭镇来找燕赤霞和司马三娘的女儿红叶(宣萱 饰)求婚,可惜道法低微,误打误撞中闹出不少笑话。
燕赤霞和司马三娘的女儿红叶因不满父母离异,离家出走,并以驱邪捉妖为业,红叶赶到兰若寺捉妖,四个人闹在了一起,后来红叶才知道诸葛流云是自己的师兄,但因一直跟随燕赤霞的师父修练,故此和红叶从未见面,此行下山,正是要迎娶红叶。
魅姬得知小倩背叛自己,大怒,决定要把小倩抢嫁给黑山老妖,红叶和流云遂奋力抵挡,在小倩出嫁的路上,采臣冒死来救,惜能力有限,眼见众人垂危,阴月皇朝圣君七夜从天而降,秒杀黑山老妖,救下众人。这时百日期限将至,七夜要带走小倩,但采臣为救小倩中了黑山老妖的剧毒,昏迷不醒,小倩不肯离去,说确定自己爱上了宁采臣。宁采臣在死前为解小倩的百日死咒,一定要说出“我爱你”三字试一试,他的努力,使蓝魔之泪终于发光,诅咒消失。而七夜离开前,曾扮成算命书生为红叶占卦,趁隙留下了魔宫续命黑蛾,这时正好为采臣续命了七日。
为解开采臣所中的剧毒,小倩与流云携采臣去绝望山庄寻找当今的医药圣手、流云的师娘司马三娘,红叶借故离开。三人赶去,却见司马三娘在山庄中寻欢作乐,更要求他们杀了忘情森林中的怪物,方愿意救治宁采臣。一番波折之后,三人发现那怪物竟然就是流云的师傅,玄心正宗的前任宗主,燕赤霞!原来当年燕赤霞携妻女隐居,因为担心自己放过七世怨侣,真会造成人间的覆灭,天人交战下,忍痛让女儿红叶修炼与敌人同归于尽的玄心奥妙诀了。但他此举被妻子发现,三娘愤怒悲伤之下带着女儿离开燕赤霞,住进绝望山庄,更对自己立下绝情咒语:不让自己踏出绝望山庄半步,于是燕赤霞自己,也因此伤心成狂,变得半人半魔,甚至打伤了来找寻幽泉下落的玄心弟子。
流云与小倩得悉其中缘故,唏嘘之下决定尽力周旋,以期化解这对夫妻的仇怨情仇。
玄心正宗本决定以人间为重,先解决阴世幽泉危机,但魔宫因七夜离开军营,三贤擅自行动,在玄心正宗营地外埋设阴雷,试图暗算敌人,终于引发了正邪大战。后经司马三娘等人劝解,为救人间,决定暂时罢战联合,共同对付阴世幽泉爆发的危机。经过一番生死搏斗,阴世幽泉之危终于解决,一直镇压着幽泉的莫邪宝剑选择红叶为其新主,但红叶弃之不用。燕赤霞一家亦尽释前嫌,和好如初。燕红叶更以玄心正宗第一人身份,压制玄心宗主金光,令他暂且不得提起正魔之别,大家尽情一聚庆祝。
当夜正魔两道同醉。七夜求小倩不要与采臣相爱,小倩虽不知原因,却也只能忍痛答应,采臣遭受此打击,半醉之下抱住早已对他芳心暗许的红叶,流云被一阵琴声吸引来到林中,遇见一身份不明的女子,那女子暗示宁采臣就是七世怨侣,流云在她的指引下正好撞见采臣与红叶相拥……