经过众人这样一翻折腾，水二爷暗叹一声天意，虽然拾粮大闹阴婚现场，搞得人仰马翻，但是水二爷并没有怪罪他，反而是决定解除婚约，送来路父女回家。
一波未平一波又起，意外的事件再次发生了，拾草的突然死亡掀起了轩然大波。拾粮认定是水二爷间接导致了妹妹的过早离去，更是在他的心里埋下了仇恨的种子。
拾草的死引起了水英英对夜闯拾草房间的张药师的怀疑，然而让大家没有想到是，张药师竟然就是拾草的亲生父亲。张药师那天进拾草的房间，也是为了要判断这个病弱的女孩是否是自己的遗失亲骨肉。
妹妹拾草的死让拾粮悲愤难忍，为了宣泄心中的怒火，他不仅上房揭瓦大闹水家，而且他磨刀霍霍，发誓要向水二爷报仇。这天夜里，拾粮扛着铡刀径直来到水二爷的屋中，对准了床头狠狠地挥刀砍下!
善良的拾粮因为不愿滥杀无辜，更不愿意见到水二爷，选择离开水家大院。不料水二爷却因此喜欢上了拾粮直来直去、敢爱敢恨的性格，请拾粮回到水家大院，甚至答应拾粮提出的无理要求，亲自到拾草坟前上香。
水英英来凉州城看望姐姐水玉梅，但在进城门的时候受到了守城的查满子刁难，路过的司徒雪儿为她解围，可倔强的英英并不买账。
水玉梅当年在县城念书，和仇家杨自由恋爱，不顾父亲的反对嫁进了仇家大院，水二爷因此一 直耿耿于怀。水玉梅见到妹妹来看望自己自然是非常的高兴。
水英英在仇家大院无意中遇到曾在黑风谷口帮过自己的妇女大嗓门，上前打招呼却被她矢口否认，更奇怪的是就在当天夜里大嗓门就被人开黑枪打伤。
实际上，仇家大院也并非表面那样平静，暗暗隐藏着丝丝杀机。
就在此时，水家大院也出事了，即将成熟面临收获的草药莫名其妙的着火了，所有的草药都被烧在了地里。
仇家远、水二爷不约而同地想到了水家大院出了内鬼。各出奇招想要揪出这根扎在水家大院深处的毒刺。
夜晚来临，拾粮突然显得躁动不安，栓伍子悄悄跟踪拾粮，来到马棚想要观察个明白，却意外的被吓晕了过去。
一次拾粮在药田工作时，无意中看见张药师藏在腰间的匕首。他将这个发现告诉给了仇家远，仇家远为了揪查出藏在水家大院的神秘黑衣人，故意设下陷阱，谁料本来十拿九稳的计划，却被自以为是的水家父女给破坏了。
日军开始围攻凉州城，疙瘩五部游击队积极响应联合抗战，而曾子航企图借刀杀人，设计让冯传五化装成日军前去偷袭疙瘩五的游击队。一场大战迫在眉睫。
乔装打扮伪装成日军的冯传五，率部包围了藏身在水家大院的游击队，就在双方剑拔弩张的时候，真正的日军特别行动队也出现在了青龙峡，并且将水家大院团团包围住。
危难关头，在水二爷的劝导下，黑三所在的共产党游击队和冯传五带领的国民党军队冰释前嫌，共同携手痛击来犯的日军。在战斗中，游击队长黑三、国民党副团长查满子为了狙击日军的猛烈袭击而壮烈牺牲，冯传五也在这场战斗中英勇负伤，腿部中弹留下了残疾。
虽然歼灭了日本人的特别行动队，但是曾子航对于冯传五的擅自行动非常不满，因为冯传五没有按照自己的命令，趁机歼灭共产党游击队主力，恼怒不已的曾子航剥夺了冯传五的军权，让他改任没有实权的药监局局长。
正是在水家大院这一战，让真正的大名鼎鼎的疙瘩五和潜藏在水家大院日本特务全部露出了庐山真面目。
原来张药师就是疙瘩五，而曹药师则暴露了他日本特务的真实身份，是他发信号将日军特别行动队引到水家大院来的，在准备逃跑的时候被拾粮发现逮了回来。不过就在仇家远准备进一步审问曹药师的时候，却发现他被人残忍地杀死在地窖里。众人大惊之余不禁揣测，还有一只神秘的黑手隐藏在水家大院里。
水二爷心知内奸不除水家大院将会永无宁日，水二爷深夜造访仇家远，在客房里昏暗的灯光下，二人商议过后，决定冰释前嫌，水二爷同意配合仇家远，共同联手揪出水家大院内潜伏的内奸。
很快在水家大院中，每个人身上都布满了可疑点，一时间水家大院内草木皆兵，搞得整个大院里人心惶惶。终有一天仇家远用枪把拾粮给带到了大家面前宣布：是拾粮因个人义气杀了曹药师，大院内所有的人都震惊了!
正当仇家远准备要将拾粮就地正法的紧要关头，真正杀死曹药师的人站了出来，原来是在水家呆了二十多年的管家——老撅头。而实际上仇家远怀疑那个杀死曹药师的人就是老撅头，他才想出了这招苦肉计，而老撅头是一个善良的好人，不忍心看到拾粮无辜受过，主动站出来。
老撅头言明自己是因为女儿被日本人挟持，所以才会助纣为虐帮助曹药师这个混蛋，满心羞愧的老撅头说完一切缘由后，自杀而亡。
水二爷无论如何也料想不到是这样一个结果，万般悔恨的他厚葬了老撅头。
经历了大院锄奸后，水英英对拾粮的态度慢慢起了变化，她觉得拾粮和其他长工不同，不仅会种药而且遇事有担当。而拾粮也改变了对水英英最初的看法。两人的感情起了微妙的变化。
水二爷虽然对老撅头的死心怀愧疚，可是人死不能复生，日子还得照过，于是，水二爷开始物色起管家的人选来。
没过多久，机灵圆滑的栓伍子就接替老撅头成为水家大院的管家，他一时间得意洋洋，做足了姿态装足了好人，开始笼络收买人心，并且对狗狗一再献殷勤，而狗狗却不屑一顾，对拾粮倒是显得非常友好。吴嫂依旧默默工作不声不响。拾粮整天带着工人们去种药，水家大院似乎恢复了往日的平静。
但是仿佛水家大院就不能是个平静的地方，在一个寂静地深夜里，滴滴嗒嗒的神秘声音在院子中响了起来。仇家远猛然惊觉，这是电台发报的声音!而这电台的讯号也被凉州城内的国军以及日本特务的侦听人员听到了。
凉州城里也不太平，失去军权的冯传五闲着无聊，四处招惹是非，整天待在观花楼教妓女唱戏，搞得整个观花楼鸡飞狗跳，老鸨哭天嚎地一状告到了曾子航跟前。
司徒雪儿对于曾子航放任冯传五扰民的行为很不理解，但曾子航告诉司徒雪儿，他纵容冯传五实际另有目的。
此时，大批日军集结在凉州城周围，日本的特务也渗透到城里。国民党军统特派员在凉州城内被日本特务刺杀，凉州城和水家大院都再次漂浮着日本特务的鬼影……
