本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。

　　围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。

　　教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。

四十九日祭剧照

　　在这四十九个日夜里，他们和他们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱地变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。

　　四十九日祭主要人物介绍

　　玉墨(小宋佳饰)----秦淮河畔头牌，13个躲避战火的秦淮河上的风尘女子之一。当女学生们不甘被日军凌辱，准备集体自杀，被以玉墨为首的妓女们救下，成为了保护众人的英雄。

　　法比(张嘉译饰)----一个爱钱如命的酒鬼，只为负责给死去的英格曼神父化妆，才进入了教堂。但为了救助教堂里的学生，留了下来成为一名伪神父，他同时也收留了“金陵十三钗”(十三个青楼女子)。

　　戴涛(胡歌饰)----陆军少尉，铁血硬汉一个枪法高超的狙击手。率领十几名士兵，拼死守护着南京城。

　　日本军官(文章饰)----日本军官要求女学生去日军庆功会表演。

　　孟书娟(张歆怡饰)----教堂中女学生之一。父亲成为汉奸，面对同伴的质疑与嘲讽时，展现出坚定的一面。她还救了秦淮河的十三位妓女，在面对日军时，即使内心十分害怕，但却不胆怯。