正统十四年，于谦召为兵部左侍郎。土木之变中，英宗被俘，郕王朱祁钰监国，他临危受命，就任兵部尚书，力排南迁之议，决策守卫京师。他与诸大臣请郕王即位，为明景泰帝，断绝瓦剌以英宗为人质、奇货可居的企图。瓦剌兵逼京师，于谦亲自督战，军民同仇敌忾，一举击退之。最终迫使也先遣使议和，使英宗得归。英宗从此幽居南宫。几年后，景泰帝病重。朝中的几个投机分子石亨、曹吉祥、徐有贞等人暗中商议，准备拥英宗复位，史称夺门之变。而他的弟弟朱祁钰已是弥留之际。英宗复位，给于谦定下一个意欲谋逆罪，处以死刑。直到宪宗即位才予以平反，明孝宗弘治二年追授为特进光禄大夫、柱国、太傅，谥肃愍。万历年间，改谥为忠肃