明末崇祯皇帝自缢前赐死皇后贵妃，砍杀后宫女眷，以免遭叛军凌辱。15岁的长平公主被砍伤左臂，但保全了性命。年轻的御医林千秋目睹皇宫里血腥的一幕，背起长平公主，携御药房珍贵典籍秘方逃出宫廷。他们一路向南，颠沛流离，身份地位渐渐模糊，两人终成眷属。清军向南追逃南明溃军，闽南气候湿热，不少官兵发病，林千秋等一干行医之人被征入军营，医术得到官兵赞赏。长平公主落入郑成功军中，她逐渐看淡天下满汉之分的思想，鼓动郑成功收复台湾，以使国家统一。林千秋误信长平公主已投江自尽的传言，削发为僧。时值闽南爆发瘟疫，寺庙僧众以林千秋所配药剂广施救治，民众得福。长平公主遭郑经扣留台湾，难归故里，获悉林千秋已入佛门，潸然泪下，听闻大陆来客讲述宫廷秘方传奇，深知让闽南百姓逃过瘟疫之灾的是丈夫林千岩，她对丈夫的思念之情深似海峡。