香港警务署辖下的精英部门-特别任务连(SDU)，俗称飞虎队，专责应付香港所有最严峻、最困难的特别任务，包括协助警队部门侦查严重罪案、对付悍匪及恐布分子、保护重要人物等。飞虎队员必须经过严格的挑选及艰辛的训练，在体能、心理、团结及服从性等方面表现卓越，绝对是精英中的精英!

　　人事几翻新　感情现波澜

　　由指挥官展瀚韬(马德钟饰)领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻鍊，各队员渐见成熟，合作更具默契，而面对的新挑战亦接踵而来。随著旧拍档相继离队，俞学礼(罗仲谦饰)等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批九十後新队员。当众下属认定瀚韬是升任总督察的最佳人选，总督察潘子龙却由刑事情报科空降成为瀚韬的上司，众队员大表诧异之馀，亦要重新适应子龙的新作风。

　　瀚韬的「最佳拍档」、飞虎队狙击手庄卓源(梁烈唯饰)，与女友丁慧慧(苟芸慧饰)彼此认定为终身伴侣，但卓源却发现慧慧举动异常而不胜烦恼。原来慧慧为支持卓源、深入了解卓源的工作，竟辞去空姐一职。卓源感情生活稳定，但工作上却遇上樽颈。卓源在一次行动中击毙匪徒後，若有所思，开始对开枪感犹疑，更萌生离开飞虎的想法……另一边厢，一心成为女飞虎的蘇文强(黄智雯饰)，经过多重辛苦训练，终如愿如偿。文强与学礼日久生情，二人正欲确认彼此关系时，学礼曾保护的富家女舒子丽再度出现，成为二人感情发展的牵绊。

　　飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则需接受聆讯。其他队员对此忿忿不平，团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿直斥其非。众队员有感瀚韬处事固执，向来团结的A Team竟面临四分五裂的危机，瀚韬如何化解……

　　神秘女卧底 正邪两难辨

　　飞虎队在一次拯救人质行动中，匪徒执意要见一名失踪多时的刑事情报科女探员- 锺韦恩(锺嘉欣饰)，但韦恩早以音讯杳然。飞虎队苦无对策下强攻拯救人质又遇上困局，千钧一发之际，韦恩突然出现，与瀚韬里应外合，救出人质。

　　原来韦恩在卧底任务失败後失踪一年，希望重回刑事情报科，但必须经过连串严格测试。瀚韬明白韦恩失踪缘由，帮助她复职。韦恩重返刑事情报科，与瀚韬率领的飞虎合作无间，渐对瀚韬产生倾慕之情，惜瀚韬刚与在英国进修的女友庄卓桦分手，未能太快投入新感情，始终与韦恩保持一段距离。

飞虎2海报

　　飞虎队与刑事情报科调查案件期间，韦恩被发现过程中有所隐瞒，令飞虎队员身陷险境，引来众飞虎队员不满，并质疑其真正身份。瀚韬原本坚信韦恩为人正义、心地善良，但韦恩对瀚韬忽然若即若离，说话似真似假，种种迹象令瀚韬不禁怀疑她背後隐藏不可告人的秘密……

　　迎战悍匪帮 团队受考验

　　瀚韬带领的飞虎队面临分裂内忧的同时，又要面对犯罪集团策动惊天罪案的外患，匪徒目标竟是警队中人，瀚韬更一度身陷险境，究竟事件背後藏有甚麼阴谋?瀚韬与一众队员能否冰释前嫌，凭藉飞虎精神，瓦解悍匪集团?经历隐瞒情报事件後，原与飞虎队合作无间的韦恩与所属的刑事情报科，还是否可靠合作夥伴?