公元1648年，清顺治四年，明降将孔有德率兵攻占了衡州，被封为大清定南王，镇守衡州。

　　此时，张莺羽已经被多尔衮培养成一名武功高强的女间谍、女杀手，但多尔衮没有料到的是，张莺羽暗中调查，逐步发现父亲死亡的真相，并知道王夫之是被冤枉的，在和王夫之一系列的争斗中，逐渐体会到王夫之为人的真诚，为大明社稷的尽心，心中对王夫之产生了一丝情感，但为自己身份所限而不能大胆表白，只能暗中帮助王夫之，帮助大明。

　　衡州失守后，王夫之开始组织匡社，积极准备起义，并到处宣传和撰文号召全天下的百姓一起抵抗清廷的入侵。 衡州蔡侯纸坊老板的女儿郑爱莲在一次偶然的机会遇见王夫之，并被他的才华所倾倒，加入了匡社，和王夫之一起准备起义，同时也开始了漫长的追求。而同样在追求郑爱莲的王夫之同窗密友——尹长民却因得不到郑爱莲的爱而生恨，暗中投靠孔有德，做了大明的叛徒，出卖了匡社的成员，使匡社起义失败。王夫之、郑爱莲等人被迫逃离，投奔南明元帅瞿式耜帐下，继续为大明效力。

　　已经知道真相的张莺羽也已经暗中成为瞿式耜的间谍，成为双面间谍。背叛清廷，为大明效力。并提供了不少清廷的情报，一次次化解了大明的危机。但在对待王夫之的感情上，却由于身份所限而不能直白的表达，同时也产生了不少误会。 父母亲的相继死亡，使王夫之丧失了入朝为官的机会，王夫之只能利用自己的机智和才能帮助瞿式耜抓出了隐藏在南明朝廷中的奸细夏公公和贪官王化澄。

　　一次次的失误，使麻公公开始怀疑张莺羽，暗中指使尹长民监视张莺羽，并偷到了张莺羽背叛清廷的证据。在春意酒楼(清廷在南明的秘密据点)张莺羽承认自己双面间谍的身份，并道明了父亲死亡的真相，指出多尔衮、孔有德、麻公公就是杀害自己父亲的真正凶手。恼羞成怒的麻公公下令手下围攻张莺羽，身受重伤的张莺羽被及时赶来的王夫之所救。

　　由于南明朝廷的腐败无能，使大明失城丧地，最后瞿式耜兵败自杀。王夫之、张莺羽和郑爱莲等人逃离南明朝廷，来到南岳七十二峰之一的耶姜山躲避。

　　为了报杀父之仇，张莺羽自身前往大清京城，成功刺杀了多尔衮，并同样成功刺杀了孔有德。

　　已经升任大清知府的尹长民却没有放过夺走他爱人的王夫之，多次带人追杀王夫之，还杀死了王夫之原配夫人陶秀英，并一路跟踪到耶姜山，扬言不交出王夫之就要血洗耶姜山。为了耶姜山的百姓，王夫之只能再次出逃，离开耶姜山，秘密回到湖南衡州的湘西草堂。想不到尹长民还是跟踪到湘西草堂，暗中行刺王夫之，但在王夫之和郑爱莲联手下，尹长民终于结束了自己可耻的一生。

　　在张莺羽的成全下，王夫之和一直追求他的郑爱莲结婚，并隐居在湘西草堂。

　　此时的吴三桂却在暗中作称帝的准备工作，并利用朱由榔作掩护，骗王夫之为自己写一篇申讨大清，号召天下百姓起来反抗大清的檄文。最后在张莺羽和陈圆圆的帮助下，王夫之看清了吴三桂的真实面目，拿回了檄文。而陈圆圆不愿看到吴三桂再次成为千古罪人，骗吴三桂一起喝下了慢性毒药…

　　张莺羽在了却了所有的愿望之后，在看到心爱的人有了美好的归宿之后，成为了一名带发修行的尼姑…

　　郑爱莲劝王船山一定要找回张莺羽，并说会想陶秀英那样善待张莺羽。在郑爱莲的鼓励下，王夫之到处寻找张莺羽，最后终于在衡州深处的尼姑庵找到了张莺羽…

　　隐居在湘西草堂的王夫之开始了长达十八年的潜心著书立说的工作…