花の精の血をひく女の子ルンルンは、言葉をしゃべるネコのキャトー、犬のヌーボといっしょに、日本へやってきました。友だちのミドリとヨシオの姉弟と、桜をみるのが楽しみと話すルンルンたち。ところが、東京の桜の名所のひとつ?九段の桜がとつぜん散ってしまいます。自然の美しさがきらいなトゲニシアとヤボーキが、薬をまいて散らしたのでした。ルンルンたちはトゲニシアたちを止めようと、もうひとつの桜の名所?上野公園にむかいます。けれどトゲニシアの「花粉風」でとばされてしまい、二人をにがしてしまうのでした。奈良の吉野山の桜も散らしたトゲニシアたちは、京都の嵐山にむかいます。新幹線であとをおうルンルンたちは、京都の桜をまもることができるでしょうか？