古き良き町…乙女ヶ町。その町を守る女の子、ブルーこと「水崎あおい」とイエローこと「山吹ひなた」は町長の指令により行方不明となったキャラクター「プチプチトマトン」を探すことに…。だが、生真面目な性格のブルーと大雑把で無鉄砲なイエローは仲違いしてばっかり。そんな二人が、プチプチトマトンが連れ去られた場所へ救出にやってくる。プチプチトマトンを監禁していた者達を倒し、プチプチトマトンを解放する。しかし、その途端、二人に襲い掛かってくるプチプチトマトン。ダークサイドエネルギーに体を犯されたプチプチトマトンに痛めつけられるブルーとイエロー…。そして、逃げ出すプチプチトマトンをブルーの制止も聞かず一人で走り出すイエロー。離れ離れになったブルーとイエロー…。果たして、彼女達はプチプチトマトンを探し出し、この町の平和を守ることができるのか？！