三年前被摧毁的拉卡病毒再一次出现，吴正飞接到组织的命令，以卧底身份潜入黑暗集团头目黄仁的集团里，调查新型拉卡病毒研制地点，及幕后黑手“幽灵王”的真实身份。潜入黑暗集团首先要接近黄仁的女儿黄莉莉。吴正为了顺利完成任务，忍痛割爱与女友可可分手。让吴正飞想不到的是，他的这次行动并不是组织给他下达的命令，而是他师弟李辉天给他下的套，让组织误以为他叛变了。随着吴正飞的步步深入，吴正飞陷入了假扮正义组织卧底黄仁一个更大的陷阱里。原来黄仁就是“幽灵王”，他想通过这个精心策划的阴谋，将正义组织一网打尽，释放可怕的新型拉卡病毒。正义组织吴正飞等人将要被黑暗集团剿灭时，得到黄莉莉的帮助，部分人员得以脱险。黄仁疯狂地进行最后一步行动，释放新型拉卡病毒，可令黄仁意想不到的是，吴正飞提前联系好的黑衣人陆正天出现，阻止了一场世界生化病毒大灾难。