在没有麻药和手术刀的情况下，燕双鹰凭着惊人的毅力要求进行手术，孙医生用燕双鹰的刀顺利取出子弹，燕双鹰的性命得以保住。几天的朝夕相处以及生死经历，使得莎莉对燕双鹰的感情慢慢起了变化，然而燕双鹰仍然与其保持距离。
军管会召开会议，各位领导反省了自己的工作，吴玉霞提出当下的四项工作，一是取消对燕双鹰的通缉，二是追查王主任身份，三是抚恤死去战士的家属，四是将赵铁钢调入风雷小组。
此时的老板与其下属秘密藏身于歌乐山被废弃的防空洞里，这里不仅有他们的特务老巢，还有一间病毒实验室，佐藤等731部队的日本研究员正在此处研发并制造新型病毒，它比二号病毒更易传播和扩散。
黑狼带着雅琴三人回到基地，没有处理掉燕双鹰的他令老板非常失望。老板要求赵雅琴按照他们的要求制造炸弹，赵雅琴和林玉仙正义直言，宁死不屈，老板下令枪毙两人……
赵雅琴、林玉仙和中村被押至刑场，开枪令下后，枪中却没有子弹，原来这是老板为了惊吓他们而故意安排的。老板再次要求赵雅琴制造炸弹，雅琴竟然答应了。原来雅琴心中已经有了逃走的计划，炸弹是这个计划中的重要工具。
莎莉开船抵达重庆的九号码头，燕双鹰赶她回家，莎莉欲留不得，一气之下离开了燕双鹰。莎莉与父亲久别重逢，一时间委屈辛酸涌上心头，伤心痛哭。吴玉霞见到莎莉后，询问了燕双鹰的情况，并告诉莎莉燕双鹰赶走她其实是为了保护她。考虑到燕双鹰的伤势和危险处境，吴玉霞决定尽快找到燕双鹰，莎莉坚持同去，并向家人表达了自己对于燕双鹰热烈的爱。
赵雅琴三人使计逼迫守卫离开他们的房间，以便偷偷制造逃跑用的炸药。老板让雅琴制造的炸弹非常特殊，它的上部留出了一定空隙，中村解释说这是为了植入病毒而特意设计的，这种炸弹能使病毒在空气中迅速传播，致使人畜大面积感染。
负伤的燕双鹰东躲西藏，最后藏身于江边一间小屋中，他仔细回忆了风雷行动实施以来的重要细节，一个惊人的答案逐渐浮出水面……
吴玉霞找到锦玉，并询问她燕双鹰的下落，锦玉认为吴玉霞是来抓捕燕双鹰的，因此拒绝协助他们。锦玉和如常在江边小屋找到了燕双鹰，三人见面分外高兴。如常童言无忌，透露出锦玉对双鹰的思念之情。锦玉协助燕双鹰来到高进所在的杂货店，在如常的指引下，燕双鹰与高进终于久别重逢。
燕双鹰向高进交待了押送老板的天风号被袭以来的大概情况，指出吴玉霞就是奸细，并告诉他自己的藏身之处，请他送来武器和药品。告别时，燕双鹰暗中塞给高进一张纸条，高进看后惊诧万分。
此时，赵雅琴三人已经做好炸药，准备趁夜一举逃出防空洞。傍晚，高进乘着小船如约来到被芦苇所围绕的江边小屋，燕双鹰将其迎进屋。搜索队驻扎在九号码头，锦玉突然出现并要求面见吴玉霞，这令吴玉霞和莎莉颇感意外。
深夜时分，雷雨将至，几条小船缓缓靠近小屋。燕双鹰被突如其来的拜访惊醒，他发现来者竟是李延平!奸细不是别人，正是第二野战军情报处处长、风雷行动策划者和组织者之一的李延平!早在几个月前，李延平和王主任两人就被老板擒获，老板用生死相逼、利益诱惑的方式成功收服两人，让他们与自己一起设计挖出情报员五号。
正当李延平颇为得意时，却发现吴玉霞率领部队将小屋重重包围。原来燕双鹰已经思考出真相并策划了“请君入瓮”的好戏。
燕双鹰放心不下赵雅琴，因为李延平身份的确认也就意味着林玉仙并没有弃暗投明，她一直是老板忠实的走狗，雅琴和中村处境堪忧。李延平被捕后，燕双鹰立刻赶往防空洞与老板和黑狼进行最后的战斗，他牵挂雅琴的安危，也担忧病毒炸弹可能造成的毁灭性后果。
最终，燕双鹰销毁了病毒、击毙了黑狼和林玉仙，抓获了老板，然而赵雅琴和中村却为此献出了自己的生命。
