宋室皇帝微服私访，密谋夺权的王爷封锁消息，企图置皇帝于死地，王爷指使太监崔浩勾结水寇混江龙，劫了贡船，混乱之中，皇帝负伤，被俞慧心所救，二人产生了情愫，慧心却不知道自己所救的人是皇上，贡船在竹山县被劫，身为竹山县令的杭铁生责无旁贷，也与凝香，彦青等展开艰难的侦察。皇帝失踪，王爷派了女杀手寒星接近凝香，伺机行刺皇帝。
杭铁生面对空前的压力，亲自乔装打入水寇内部，赢得了混江龙的信任，终于发现贡船被劫是有内奸提供线索，杭铁生等人为了追查内奸，又开始了新的行动。
与此同时，在京城的王爷，却遭到大臣严峰的挑战，严峰得到妃子梅妃协助，揭穿了王爷封锁皇上微服出巡的阴谋，严峰亲自赶赴竹山，协助杭铁生侦破太监崔浩的真面目，生擒了寒星。贡船一案破了，严峰取代不称职的宰相。
皇帝回到宫中，大摆宴席庆祝，席中，皇帝赏赐有功的梅妃一颗夜明珠，就在众人赞叹之际，灯火全熄，夜明珠被人盗走了，现场只留下一枝梅花。
皇帝大怒，派大内总管包大海缉令一枝梅，包大海是个草包，凡是叫一枝梅的都抓了起来，竹山有个琴师也叫一枝梅，也因此入狱。杭铁生觉得此案有很多可疑之处，尽在大内，便将计就计，故意制造一枝梅已死的假相，赶到京城，在皇宫中展开了新的侦察行动。夜明珠曲折离奇，神秘怪异，王爷兴风作浪。杭铁生追查下去，赫然发现，夜明珠一案的背后ㄒ隐藏著一个皇妃调包案，现在这个梅妃其实是假的，而一手包办这件大逆不道之事的却是严峰，竹山贡船一案，铁生与严峰早成莫逆之交，严峰任宰相之，更是政绩蜚然，朝中少数能与王爷对抗的忠正之人，要不要为这个小案而毁了国家栋梁?杭铁生陷入痛苦的抉择之中，最后，他认识了国家栋梁是国法，终于不顾凝香等人反对，判了严峰死刑。严峰临死之前也跟王爷同归于尽，为国除了害。
第三部：古井奇冤[十二集]
竹山县发生一桩年轻少妇谋害亲夫的命案，县令铁生出马查案，师爷彦青因病不能到场验尸，给了年轻的仵作阿祥一展长才的机会。阿祥带著年仅小他八岁的女儿喜鹊一同验尸，并提出“解剖验尸”这等惊世骇俗的主张，最后终逼凶手俯首认罪，助铁生漂亮破案。喜鹊总称呼阿祥“小爹爹”，二人的关系引起铁生好奇，唯话题一旦触及喜鹊的身世，阿祥便明显的有所隐瞒。
县城里突然来了自称神医的郑宽，声称能与药王菩萨沟通，并安排一对夫妇假做病患，特别选在大庭广众之下展现自己“隔空取药”、“冥想治病”的神技，藉此打响名气，甚至就地开设医馆为人治病。热心的慧心积极拉病中的彦青前去求诊，果然见识了郑宽神奇高明的医术，不料中途喜鹊竟冒了出来，直指郑宽是个哗众取宠的骗子，并将彦青扭送官府。
其实郑宽的确医术高明，只是多利用了“隔空取药”、“冥想治病”这样奇特的手法引人注意，以招揽病患罢了。他此行来到竹山，背地里还有个目的，就是要等候刚自朝廷告老还乡的董太师，解决十四年前彼此种下的宿怨。
