天庭中有个刁蛮泼辣的小魔女神农女，一直狂恋着吴夲，见到玉帝要缉捕吴夲，她急忙赶赴人间，希望在李天王抓到吴夲之前，先找到他，带他回天庭自首，减轻罪责!
吴夲并不知道他私到人间已经在天庭掀起了一场滔天风波，他见到的是满目疮夷，遍地哀鸿，瘟疫肆虐。
吴夲心急如焚，可是人神殊途，神仙没有办法直接打救众生，治疗疾病，还须借助凡人手，吴夲找到了闽南最大的医坊，把对付瘟疫的秘方传授给医坊坊主史威，史威是闽南最负盛名的大夫，他的医坊总是挤满了求医的人，如果有了保生大帝的秘方，医坊就可以救活无数病人，然而秘方交出甚久，瘟疫依然蔓延不止，保生大帝的秘方不灵了!
保生大帝诧异之余，化成凡人，来到医坊明察暗访，这才发现史威得到秘方之后，并未用来救治百姓，反而用高价卖给有钱人，着实发了一笔瘟疫财。
此时神农女追到吴夲，并且告诉他：并不是人间缺少医药，缺少高明的医术，而是人心不古，医道不存，医德败坏，她劝吴夲速速返回天庭，以免遭到玉帝惩罚。
吴夲顾不得这些，瘟疫一天天蔓延，千村薜苈，万户萧疏，身为保生大帝，他岂能置身事外?
神农女说人性本恶，凡人不值得救，吴夲说人性本善，他要寻找一个最诚实最善良的年轻人，将他培养成一代名医，战胜瘟疫，拯救苍生!
李天王带着四大金刚搜捕吴夲，来势汹汹，一旦被捕，后果不堪设想，吴夲救灾心切， 全然不顾自己的危险，多亏神农女机智掩护，屡屡化险为夷。
漳州府，一场盛大的法会，巫师正在作法辟邪祛瘟，他说瘟疫横行乃是百姓供奉太少， 得罪了保生大帝，保生大帝生了气，这才弄了一场瘟疫来惩罚百姓，吓坏了百姓纷纷献上钱财。
吴夲听得目瞪口呆，居然有人造谣造到他头上!
忠厚老实的保生大帝虽然拥有法力， 可法力在谣言面前却无能为力。
神农女气不过，要施法力惩罚巫师，吴夲连忙劝住了他，因为就算她惩罚了巫师，也无法让百姓相信吴夲是清白无辜的。
神仙被一个无赖打败了!
就在二仙束手无策之际，一个青年跳上祭坛，当面揭穿了巫师装神弄鬼骗取钱财的卑鄙手段。
百姓们发觉上当，纷纷散去，不料巫师反而指这青年就是保生大帝派来的马仔，是来造谣生事的!
被蒙蔽的百姓相信了巫师，他们抓住了青年，拳打脚踢，保生大帝连忙施展障眼法，用一石头狮子变成青年模样，众人打得手脚疼痛，青年却毫发无伤。
众百姓惊愕，巫师却说这证明青年有邪术，证明他是保生大帝派来的小妖，巫师下令将青年用火烧死，保生大帝却降一场骤雨，浇熄了大火!
