石观音怀着悲愤的心情一手安排红袖与楚留香成亲。其实是想将他们一起炸死，楚留香感念红袖一片苦心，答应假成亲，却遭到了中原一点红的反对。正在纠缠之际，众人接到画眉鸟报信，说石观音准备炮轰宫殿。情急之下众人寻找地道出口，不想却误闯地下楼兰古城，遇到奇人石驼，得知宝藏秘密。石观音以为楚留香已死，更加疯狂地对待所有的人，无花为了夺权，偷偷给石观音下药，欲取而代之。结果石观音中计，被关在了山上的小石屋，无花成为无冕之王，开始征服左右，他得知雾山村有罗盘之母，带兵去找，不想却遇见了民女云珠，惊于其外貌酷似长孙红。决定将她收为己有，楚留香进入地道，发现画眉鸟虏走众人，而指点楚留香寻找开启宝藏之钥的只有——罗盘之母。楚留香再次陷入一团混乱。
无花痛苦中见长孙红之幻像。越来越思念她，而他唯一表达思念的方法就是娶云珠过门，雾山村将罗盘之母看作镇庄之宝，拒绝送给无花，无花见村民不识实务，决定攻打雾山村，危机之际，云珠出来阻拦，无花久寻佳人不得，答应放过所有人，但要云珠嫁给他。云珠不愿意自己的一生毁在无花手里，夜半逃跑，不想却撞见了囚居的石观音。石观音用计传其武功，希望能借她脱困。楚留香来到雾山村，遇见甜儿，铁花，三人十分高兴，这时无花出现，他故意表示石观音重病，要楚留香用罗盘之母来交换。楚留香为救观音，交出罗盘之母。而此时，谁也没想到，石观音已经控制住云珠，以图报复无花。双方大战展开，无花为保云珠，处处受制，云珠忽然晕倒，观音表示她在她身上下了真气，除非她出手，否则神仙难救，无花大恸。
无花为救云珠，听命于观音。石观音答应跟楚留香一起救活云珠，却在中途忽然收手，楚留香百般劝说不得，二人双双跌入古城。古城中，楚留香愿意生死与共，观音终于感悟，讲起收留长孙红，柳无眉的往事。楚留香答应跟她重新开始，二人找到出路，双双跌入瀑布，观音对自己的一头白发很自悲，楚留香表示，他一定会找到最好的药，将她的头发染黑，石观音终于完全醒悟，云珠病痛难耐，无花无力回天。一连杀死了十几个大夫之后，终于不忍心看云珠再继续痛苦，亲手将她杀死，云珠临死前终于明白，这个男人虽然坏，但他的爱是真心的，苦无出路的蓉蓉和红袖等人被李玉涵所救，李玉涵告诉他们，自己当日晕倒，遇见了妻子柳无眉，二人已经成亲，蓉蓉担心楚留香的安危，决定一起前往寻找楚留香。
蓉蓉等人和国王在古城相会，国王深感复国有望，出兵与无花交战结果战败。而此时，疯狂的无花居然异想天开，将云珠做成木乃伊，要生生世世和她在一起，归隐的楚留香和石观音幸福地生活在一起，楚留香得知龟兹内战，十分担心，于夜半偷偷溜出去烧毁了无花粮草。结果使得这一仗大胜，石观音看出楚留香心里还是惦记着大家，同意和楚留香一起回去，当楚留香携着观音与众人相聚时，所有人都提出了反对。甚至有军队，要兵变，石观音左右为难，这时无眉出面维护观音，表面上好像在为石观音开脱，其实是想趁机赢得楚留香的好感，双方交战终于开始了，楚留香在石观音和中原一点红的帮助下，在峡谷设下埋伏，一举将无花打败。无花狗急跳墙，无路可走，终于又想出一条毒计。
无花以俘虏的身份混入军营，故意杀死俘虏，煽动其他的俘虏暴乱，楚留香看出端倪，一方面安抚俘虏，一方面设下天罗地网来擒无花，无花终于碍耐不住，出手杀楚留香，二人大打出手，结果被楚打败，关入铁牢之中，无眉觉得这次的行动楚留香居大功，怕自己的丈夫得不了好处，于是偷偷计划除去楚留香和石观音等人，她先废去无花武功，然后再将他弄走，并诬赖是石观音放人走的。国王出于嫉妒，故意要石观音走碳火以示清白，石观音为了楚留香，忍痛走过碳火，国王却反悔了，石观音愤怒绝望，狂性大发，欲对国王动手，楚留香来，一掌将石观音打倒在地，石观音想不到，自己心爱的人会对自己出手，难过之余，大开杀戒，张扬而去，楚留香难过之极，而此时，柳无眉夫妇却偷偷地溜了。
无眉怕楚留香追究，故意大事化小，自己捆绑，想要脱罪，不想诡计百出，被楚留香看穿，为了保命，夫妻俩连夜出逃，结果被楚留香追上，无眉故意借口自己肚子里有小孩了，引起楚留香的同情，逃过一劫。一切尘埃落定，众人分别，楚留香决意去寻找石观音，可是找遍神州都找不到，直到一年后，石观音化身白发魔头，专杀有情男女，楚留香才找到她，石观音心中已无情，楚留香为化解她心中的仇恨，欲一死了之，石观音终于明白了自己的不对，她张开双臂，迎向了楚留香的剑，与此同时，红袖随着中原一点红远走天涯，而蓉蓉因为兄长的提醒，决定誓死跟随楚留香，出城的时候大家问楚留香，究竟有没有杀石观音，楚留香笑而不答，远处一个女尼经过，似乎是石观音，又似乎不是。
