襄阳王反诬赵昭伪造证据，赵昭戳穿襄阳王弑父夺位、假传信物逼宫的真相。襄阳王破釜沉舟，要将当年的皇家丑闻公诸于众。皇后言明要与襄阳王商议后事，假意要传他太子之位。襄阳王大喜跪谢，皇后拔出早已准备好的金簪刺伤襄阳王，最终，襄阳王被皇后和庞文合力诛杀……赵祯荣登大宝，王延龄吓得不轻，意图告老还乡。
赵昭要赵祯立即开恩科，赵祯却因庞文而有所顾虑，赵昭点名扳指一事，赵祯只得同意。赵祯亲赴丞相府探病，王延龄感慨不已，愿誓死效命，其实也知道赵祯是要利用自己牵制庞文。
赵祯登基之后，立即委任一批新人为重臣，既有庞文派系，又有王延龄派系。王延龄深知赵祯登基让庞文更具威胁，他试图在宫中找到亲信，也希望在下月的科举中能寻觅到几个好学生，作为自己日后对付庞文的可造之材。
秦香莲得知新皇大开恩科的消息，知道陈世美中举有望，陈世美更是欢欣若狂。一家人准备着陈世美赴京的行李，却发现赵昭赐的金牌被两个孩子拿去换了糖果。春妹吓得逃出家去，秦香莲连夜找回孩子，孩子却已病倒……孩子要求医问药，陈世美还要进京赴考，家中的银两委实已经不够了。
秦香莲和陈母商议着，该如何凑齐陈世美进京的盘缠。
春妹嫌药太苦，把秦香莲辛苦买来的药偷偷泼掉了，陈世美气不过。陈母去三姑家借钱，可三姑也实在困难。秦父六十大寿即将来临，秦母唤家丁给秦香莲送来了帖子，秦香莲但愿能借此机会向娘家借点钱。她连夜给父亲缝了一对鞋垫，又害怕陈母不快，差点因此而被误解。秦香莲得到陈母同意，带着一双儿女前往均州秦府为父亲祝寿。
韩琪押送庞府的镖进京途中，与山贼里应外合，将一趟镖劫了下来，在前往京师的道中静候陈世美。
秦父秦母看到女儿，又看到可爱的外孙和外孙女，气早消了一半，秦香莲亲手缝制的礼物更是让父亲感动不已。然而得知秦香莲想借钱送陈世美进京，秦父又动了怒。冬哥春妹将秦香莲闺房中的首饰拿走，想帮助父母，却更引得秦父误会，父女俩矛盾进一步加深。秦母与小巧拿出自己的首饰递给秦香莲，要她给陈世美换做盘缠。
庞文要庞妃在皇上面前多花些心思，庞妃故意安排婢女说王延龄的风凉话，自己则在一旁呵斥，演戏给赵祯看。赵昭则每日里计算着，陈世美还有多少日子能到京师。
秦香莲等人给陈世美送行，一家人难分难舍，陈世美答应秦香莲，不管考不考得上，一定平安回家。岂料离家不久还未上官道，就遇上一伙劫匪，幸好被韩琪救下。陈世美与韩琪多年不见，把酒言欢，说得甚是投机，韩琪也要认陈世美做主人，要一路护送他上京。
陈世美却不愿做主人，与韩琪结为异姓兄弟，韩琪大喜过望。陈世美一走，均州就闹了水灾，陈家庄上下匆忙到山上的龙王庙避难。秦香莲好歹让陈母放弃老房子，随众人逃走，行至半途，陈母却又发现落下了陈父的灵位。秦香莲让陈母带着一双儿女先行，自己回去拿灵位，大水随即淹没陈家庄……
陈母伤心欲绝，幸而秦香莲大难不死，被乡亲们救醒。包拯奉旨赈灾放粮，临行王延龄叮嘱他，沿途认真搜集庞文贪污的证据。包凌瑄一路先行，盗走韩琪手中庞文贪污的官银，岂料官银最终落入水中。包凌瑄与韩琪、陈世美不打不相识，三人结为好友，包凌瑄答应帮陈世美给家中捎去家书和银两。
秦香莲组织乡亲们一起缝制绣帕，待大水退去就到临镇换钱，为给大家宽心，甚至事先给大家发下定钱。西域使节按例向赵昭进贡石榴，庞妃偏要扣下，还要赵昭有苦说不出，太后觉得娘俩吃亏的原因就在没有一个驸马好撑腰，赵昭愈发思念陈世美。
洪水终于退去，但家中潮湿凌乱，已不能住人，秦香莲带着一家老小去破庙暂住，又与三姑等人去叫卖绣帕。岂料临镇也受灾严重，绣帕根本无人问津，有人还不愿意归还定钱，让秦香莲的境况雪上加霜。陈母只能唉声叹气，叫秦香莲尽快设法，家里已经揭不开锅了。
包凌瑄得知陈家庄受灾，四处寻访秦香莲一家老小。秦香莲上街采摘野果，想再上街换点银子。岂料野果打了露水，有人吃了直闹肚子，拉秦香莲去见管。包拯正在此坐镇赈灾，用十两银子买走秦香莲的绣帕，秦香莲感激不尽。但大部分钱都得分给乡亲们，秦香莲买了中药食物已所剩无几，食物也被饥饿的小灾民抢跑……
秦香莲苦无良策，只能抱起琵琶，上街卖唱，又被地痞调戏，幸被包凌瑄所救，两人却未能相认。陈母不愿再让秦香莲卖唱出丑，但看着挨饿的儿女，秦香莲又偷偷抱起了琵琶……陈世美与韩琪终于抵达京师，沿途有人跟随，还有人在所有客栈都为陈世美备下客房。陈世美心知是公主所为，元宵更以抓捕韩琪要挟陈世美，陈世美无奈只能赴公主设下的宴席，临行答应韩琪三杯为尽，最终却"无奈"饮下了四倍。
秦香莲沿街卖唱，被秦父看在眼里。秦父拉起女儿要找陈家算账，撞见陈母。秦父这才知道陈世美竟是当年陈院正之子，近乎癫狂。秦父准备连夜搬离均州，并将秦府大宅赠与秦香莲，以表达自己的愧疚。秦香莲却想调解秦陈两家的矛盾，自作主张要小巧将地契赠与陈母，作为秦父的一份心意。陈母眼看自己老宅败落，认为秦父是在奚落陈家，一怒之下将地契撕了个粉碎……
陈世美回到客栈，坦诚自己多饮了一杯，但解释着实事出有因。韩琪举刀扎入自己臂膀，要让陈世美惊醒。陈世美感动不已，追悔莫及，连夜与韩琪搬离客栈，却尽被公主收入眼底。
洪灾过后，均州便发了瘟疫。陈母、冬哥、春妹均被感染，秦香莲忙到药铺求医问药，但一包疫病特效药涨到五两银子，她实在买不起。秦香莲咬牙抢药，差点被药店喽啰痛打一顿。包拯巡街，救下秦香莲，命药铺掌柜一包只准卖五钱银子。秦香莲带着领到的唯一一包药回到家中，岂料三姑也正在此痛哭，她的孩子也弭患瘟疫。陈母眼看只有一包药，几乎全给了两个孩子，只给三姑家留了一点，而她自己则一口都未喝……
三姑家老三病重，三姑求陈家将冬哥过继，好换钱给大家治病，陈母咬牙拒绝。老三重病身亡，陈母很是愧疚，但自己也身患重疾，秦香莲考虑着卖子救母，陈母却死活不允，要她发下重誓，保全陈家香火。
太后与庞妃再起争端，赵昭与太后做戏让赵祯得知庞妃的不是，岂料庞妃竟甘愿自残以博取皇上的恩宠，赵昭瞠目结舌。
自元宵处，赵祯得知陈世美参加了此次科举，命王延龄调阅他的试卷一看。可他不知，陈世美的试卷已被考官庞虎蘸了卷，作废了……
