由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。
在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。
王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。
王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。
而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。
弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。
张居正、冯保上任后，李贵妃和陈皇后共同晋升为太后。
就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。
张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。
广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。
