抗日战争爆发后，邓子恢出任新四军政治部副主任。受组织派遣，与彭雪枫率领新四军四师开辟壮大了淮北抗日根据地，捉放韩德勤，建立统一战线。与彭雪枫结下了兄弟般的革命情意。抗战胜利后，邓子恢与张鼎丞等组织华中分局，为实现“耕者有其田”奠定了良好的局面。

　　在武汉主政华南局期间，对荆江分洪工程，他彻夜忧思，在奉命组建中央农村工作部前，荆江分洪工程已经大功告成。1953年，中央农村工作部成立，邓子恢任部长，得知许多农民在办合作社中有不满和抵触情绪等农村问题，邓子恢及时向毛泽东和中央提出建议，并要求亲自到农村进行考察。

　　在闽西家乡，邓子恢发现了合作化运动风起云涌但也急躁冒进。

　　虽然入社凭自愿，但在冒进的风气下，全国各地频发强迫入社事件，合作社迅速激增，各地农村出现不安定因素，农民以宰杀牲口以及破坏生产力等特有方式表示不满情绪。邓子恢带领农工部，想方设法为农业合作化运动的健康发展而奔走，提出建立农业生产责任制，随后被任命为国务院副总理。

　　毛泽东对农村工作出现的问题极为重视，和邓子恢一起研究制定了合作社“停、缩、发”三字方针。在合作化的数字上，党内出现分歧，邓子恢被批为“小脚女人”。

　　邓子恢的农业生产责任制主张见报后，让永嘉县委农业书记李云河深受启发，在此基础上提出包产到户主张，受到社员群众的欢迎。

　　邓子恢看了人民日报记者李素琴的采访报告，虽担心包产到户退回到单干，但表示可以试验。农村部副部长的陈伯达认为包产到户容易走资本主义道路。人民日报社编辑部主任王雪萍紧跟陈伯达的意见。